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Foi fundada a 31 de janeiro de 1676 pela Real Cédula de Carlos II, constituindo a quarta universidade fundada na América. Os pensadores mais importantes da história de Guatemala formaram-se neste centro de estudo. A Universidade de San Carlos é a universidade pública existente na Guatemala, convertida também na mais importante. Na época da revolução guatemalteca foi estabelecida a sua total autonomia, expressando a nível constitucional. A importância dos seus alunos e da própria instituição, teve reflexos em diferentes e importantes épocas, desde a independência da Guatemala, a revolução de 1944, o conflito armado guatemalteco, até à atualidade. As primeiras disciplinas da Universidade de San Carlos foram: Teologia Escolástica, Teologia Moral, Cânones, Leis, Medicina e dois cursos de línguas.

Nesse mesmo ano (1676) realiza-se o primeiro protesto estudantil pelos primeiros alunos de Leis e Direito Canónico, porque os professores nomeados provisoriamente, não iniciaram as aulas, e a 3 de fevereiro de 1681 solicitam às autoridades universitárias a nomeação do Licenciado Antonio Oávila Quiñonez da disciplina de Leis, o qual foi autorizado em fevereiro desse ano.

A constituição Universitária exigiu a liberdade da disciplina, ao mesmo tempo que obrigava a que se lessem as doutrinas filosóficas contraditórias, para motivar a discussão de ideias.

Também conhecido como Jardim Botânico da Universidade de San Carlos, é um jardim botânico com 17611 metros quadrados de extensão, localizado na cidade de Guatemala. Depende administrativamente do Centro de Estudos de Conservação (CECON) da Faculdade de Ciências Químicas e Farmácia da Universidade de San Carlos de Guatemala. Desde finais do século passado, o doutor Julio Rosal deu início aos trabalhos de organização e cultivo das primeiras coleções do Jardim Botânico. O terreno onde se situa o Jardim Botânico foi adquirido por doação durante o governo de Carlos Herrera em 1921, mas somente em 29 de dezembro de 1922, durante o governo procedente, foi inaugurado como o primeiro Jardim Botânico na América Central. Entre aqueles que têm gerido destaca-se o Doutor Honoris Causa Ulises Rojas, que dedicou anos da sua vida nesta função, substituído atualmente pela Engenheira Marie Storek, e na área de educação ambiental está Ana Maria Ortiz, por fim no Index Seminum encontra-se Eréndira Aragón. Neste jardim botânico são cultivadas cerca Tde 1400 espécies, das quais 80% são nativas e o resto pertence a espécies introduzidas de outros continentes.

Atualmente o jardim botânico está focado na reprodução e cultivo de espécies endémicas que crescem em algumas zonas de Guatemala, que possuem condições ambientais muito específicas e são muito propensos à extinção.