O rei Carlos III, rei do Iluminismo tornou-o padre político do atual San Fernando, e figura de vital importância, uma vez que em 1766 decretou a emancipação do território da Real Ilha de León como município independente de Cádis, nascendo a Villa de la Real Isla de León.
A produção de Normativa do Iluminismo em San Fernando teve duas importantes vertentes: o Decreto de Liberdade de Imprensa e os trabalhos de redação da Constituição espanhola de 1812. A transladação normativa atual do Decreto da Liberdade de Imprensa são os princípios garantidos no artigo 20 da Constituição. E trabalhos nas cortes são o berço do constitucionalismo moderno na Europa e América.
Desde 1769, data da transladação de todas as dependências da Marinha de San Fernando, a investigação científica tem sido uma constante na cidade, principalmente refletida no Real Observatório Astronómico de la Armada. O magnífico edifício neoclássico construído em San Fernando em 1798, de acordo com os planos do Marquês de Ureña, responde a uma ideia inicial do insigno marinheiro e científico Jorge Juan. Foi o Observatório mais meridional da Europa, e durante o seculo das luzes graças aos próprios méritos um merecido prestigio no contexto astronómico Europeu, graças aos importantes trabalhos realizados por personagens ilustradas como Luis Godin ou Vicente Tofiño e o apoio técnico e científico fornecido às expedições Iluministas do último terço do século XVIII. Estas expedições do século XVIII têm hoje o seu reflexo nas expedições dos Burques "Hespérides" e "Remolcador Las Palmas” a la “Antártida”. Durante 250 anos de operação, foi-se adicionando aos seus originais tarefas astronómicas, missões tão importantes para a Armada e para a ciência espanhola, tais como, o cálculo de las Efemérides e a publicação do Almanaque Náutico, o Curso de Estudos Superiores, o Depósito dos Cronómetros e Instrumentos da Marina, as observações metrológicas, sísmicas e magnéticas, e a determinação científica da hora.
Embora a construção naval já existisse em San Fernando, localizada no Real Carenero, é no entanto em 1717, quando o rei Felipe V decreta a construção do Arsenal de la Carraca, em terrenos perto do núcleo urbano civil. Durante o século XVIII a construção naval é racionalizada, e o Arsenal converte-se num dos expoentes fabris mais importantes de Espanha e, sem dúvida o maior da Andaluzia. É a faceta da construção naval a que notavelmente sobreviveu até hoje, materializada nos estaleiros Navantia, situado hoje em terrenos do Arsenal de la Carraca.
San Fernando desempenhou um papel vital como sistema defensivo, refletido hoje no seu património simbólico. A bateria defensiva de la Punta Cantera é hoje símbolo da primeira derrota da Armada Napoleónica em águas de San Fernando, na lagoa de Santa Isabel. Junto com o resto das baterias defensivas tornaram-se inexpugnáveis face ao exército francês. O Real Teatro de las Cortes simboliza hoje o nascimento do conceito de soberania nacional, e a data de 24 de setembro é parte do escudo, símbolo da cidade.